南普院寺规模宏大,从南到北主轴有天王殿、大雄宝殿、大悲殿和藏经阁四座，加上左右庑廊，钟楼鼓楼、功德楼、海会楼、普照楼、太虚图书馆、佛学院教室、养正院等。所有这些建筑依傍山势，层层托高，庄严肃穆。近些年来，在天王殿南面有放生池、两座新建的万寿塔和两个凉亭以及荷花池等，在两池之间有七座由释迦牟尼佛、迦叶佛等七尊佛像组成的七佛塔，万寿塔高11层，富有南亚佛教建筑的风格，使南普陀寺风景更加美丽。
需要着重提出的是寺内有1925年创办的为国内最早的佛教学府－－闽南佛学
院。1934年，弘一法师又增办佛教养正院，迎来了南普陀寺建寺以来前所未有的兴旺时期。
因为战争曾经停办，1985年，佛学院重新办学，现设养正院、预科班、正科班，各为两年制，1992年起又增设二年研究班，在国内及东南亚地区有着广泛的影响。南普陀寺与厦门大学仅一墙之隔，却两种意境；“古朴与摩登并存，小和尚和大学生为邻。”
重点游览：天王殿、大雄宝殿、大悲殿、藏经阁
位置与交通：
南普陀寺位于市区五老峰下，面对龙海市南太武山，南面是厦门大学。
