整个保护区4000米以上是悬崖陡峭的雪峰，乱石嶙峋的流石滩和冰川。海拔4000米以下地势较缓 ，地貌呈阶梯状分布 ，依次分布着温带、寒温带、寒带等气候带 ，几乎可以称是整个滇西北气候的缩影 ，山脚与山顶的气温差达22.8℃。

　　哈巴雪山自然保护区是以保护高山森林垂直分布的自然景观及滇金丝猴、野驴、弥猴为目的而设立的寒温带针叶林类型的自然保护区。

　　保护区内呈立体分布着寒冻植被带、高山草甸和高山灌木丛、冷杉、云杉、山地常绿阔叶要带、干热河谷灌草丛带等，植物种类繁多。保护区内有虫草、贝母、珠子参、天麻、雪莲等名贵药材；而兰花、野牡丹等名花随处可见；在浓密的原始森林中， 栖息着一类保护动物滇金丝猴、野驴； 二类保护动物雪豹、原麝、马麝等。

　　保护区自然风光主要由哈巴雪山主峰、高山冰碛湖、杜鹃花、雪山瀑布群构成。

　　哈巴雪山主峰高5396米，山顶终年冰封雪冻。主峰挺拔孤傲，四座小峰环立周围，远远望去，恰似一顶闪着银光的皇冠。随着时令、阴眼的变化交错，雪峰变幻莫测，时而云蒸雾罩，时隐时现；时而云雾飘缈，丝丝缕缕荡漾在雪峰间，“白云无心若有意，时与白雪相吐吞”。 保护区内有众多的高山冰碛湖 ，大部分海拔在3500米以上 。其中，以黑海、圆海、黄海、双海风景最佳。